Родился в 1918 году в деревне Одерихино Владимирского уезда Владимирской губернии. Учился во Владимирском химическом техникуме в 1935-1939 годах. Работал на химическом заводе и занимался в аэроклубе. В 1940 году был призван в армию, где окончил Кировабадскую военно-авиационную школу пилотов. На фронте с июня 1942 года. Прошел путь от летчика до командира эскадрильи.
Награды: орден Красной Звезды (23.03.1943), орден Красного Знамени (31.08.1943, 14.01.1945, 01.06.1945), медаль «За оборону Ленинграда» (1943), орден Александра Невского (25.04.1945), звание Герой Советского Союза (15.05.1946), орден Отечественной войны I степени (06.04.1985).
После войны продолжил службу в ВВС. Умер в 1995 году.
Выписка из наградного листа командира 3-й авиаэскадрильи 131-го гвардейского штурмового авиационного полка гвардии старшего лейтенанта М.Е. Никитина от 15 мая 1946 года
«Гвардии старший лейтенант Никитин в действующей армии с июня 1942 г. Первое боевое крещение получил на Брянском фронте по уничтожению танковых колонн, которые Гитлер двинул на Орёл. При первых боевых вылетах тов. Никитин проявил смелость, отвагу и беспредельную ненависть к заклятому врагу своей Родины.
…
22.8.44 г. тов. Никитин вел группу 8 самолетов Ил-2 на штурмовку живой силы и техники противника севернее 8 км Хуши. При подходе к цели противник встретил группу сильным зенитным огнем, но тов. Никитин, умело маневрируя, пробился к цели и атаковал ее. При выходе из атаки тов. Никитин заметил группу 18 самолетов Ю-87, идущих плотным строем в сторону наших войск. Тов. Никитин принял смелое и дерзкое решение: атаковать группу Ю-87, не дав им бомбить наши войска, и заставить их сбросить бомбы на свои войска. Приняв такое решение, он первый врезался в их плотный строй и огнем пушек и пулеметов сбил 1 Ю-87. В результате, в этой неравной схватке, группа гвардии старшего лейтенанта Никитина сбила всего три самолета Ю-87 и заставила все остальные самолеты противника сбросить бомбы на свои войска. В этот вылет гвардии старший лейтенант Никитин лично уничтожил: 4 автомашины, 8 повозок, подавил огонь двух орудий зенитной артиллерии и сбил самолет Ю-87.
После прорыва сильно укрепленной обороны противника под Яссами, наши подвижные части в стремительном порыве дошли до Плоешти, оставляя позади отдельные группировки противника.
…
За героизм, отвагу и мужество, проявленные при выполнении боевых заданий командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками, за лично совершённые 108 успешных боевых вылетов и из них ведущим 61 раз штурмовал врага. За лично уничтоженные: 1 самолёт, 23 танка, 56 автомашин, 2 паровоза, 13 ж.д. вагонов, 6 складов с боеприпасами, 84 повозки с грузом, до батальона пехоты, доты, дзоты и т.д. – достоин представления к высшей правительственной награде – звания Героя Советского Союза.